生徒の作品をデザイナーが手直ししたものです。 校章の中に『巣鴨北中学校』の「巣」と「北」と「中」をデフォルメし、両側に鴨の「翼」を表したデザインとなっています。 「翼」には生徒みんなに「心の翼」を持ってもらいたいという意味があります。

モチーフは「巣立ち直前の鴨」です。
鴨は巣鴨北中学校の頭文字である「Ｓ」をベースに作り、学校名を英字で「巣」に見立てて配置してあります。
また、上方を向いているのは「未来」「向上心」「明るさ」を表しています。「FOUNDATION 2001」は「創立2001年」(2001年に創立という意味)を示しています。